【百創(chuàng)智造S3000空間單細胞分割實測數(shù)據】

物種信息：小鼠

測序策略：Illumina PE150

分析軟件點擊下載>>：BSTMatrix

參考基因組版本：GRCm38_release95

Demo數(shù)據點擊下載>>：百創(chuàng)S3000空間轉錄芯片鼠腦Demo數(shù)據

【實測數(shù)據分析結果概覽】

數(shù)據情況

Type	Number	Percent(%)
Number of Reads	1,647,163,344
Valid Barcodes	1,518,333,646	92.18
Valid UMIs	1,634,484,110	99.23
Final Valid Reads	1,517,476,104	92.13

比對概覽

Type	Percent(%)
Reads Mapped to Genome	98.14%
Reads Mapped Confidently to Genome	87.4%
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions	3.36%
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions	3.94%
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions	80.1%
Reads Mapped Confidently to Transcriptome	80.15%

飽和度

Tpyes	Sequencing Saturation	Fraction Reads in Spots Under Tissue
Values	68.67%	92.07%

多級分辨率結果

Level	L18 (100μm)	L9 (50μm)	L7 (36μm)	L6 (30μm)	L5 (24μm)	L4 (18μm)	L3 (12μm)	L2 (6μm)	L1 (3.5μm)
Number of SupSpots	3,535	14,971	25,592	35,712	53,277	87,809	170,996	464,159	2,622,153
Median Genes ?per SupSpot	11,007	6,244	4,654	3,793	2,909	2,026	1,198	510	107
Median UMI Counts per SupSpot	99,970	23,612	13,799	9,867	6,608	3,990	2,034	742	130
Total Genes Detected	37,152	37,154	37,162	37,163	37,157	37,161	37,163	37,165	37,165

百創(chuàng)S3000腦數(shù)據與某平臺數(shù)據Demo比較

百創(chuàng)S3000空間轉錄芯片

百創(chuàng)空間轉錄組以原片無錯高清H&E+原片無錯熒光+原片測序，“三片合一”實現(xiàn)精準的細胞分割，將空間轉錄組推進到單細胞分辨率的領域。

本著持續(xù)創(chuàng)新，深耕時空領域的決心，經過又潛心研發(fā)，百創(chuàng)智造于2024年3月27日在山東青島正式發(fā)布了百創(chuàng)S3000空間轉錄組芯片，讓空間組學的性能再進一步。

百創(chuàng)S3000在6.8mm*6.8mm的捕獲區(qū)域內鋪設了4,144,770個捕獲位點，相鄰兩個捕獲位點的中心距為3.5μm。

相較于現(xiàn)在廣受市場認可與好評的百創(chuàng)S1000轉錄組芯片，捕獲位點數(shù)提升近2倍，分辨率同樣提升近2倍

在相同的測序飽和度下，單細胞級別分辨率下中位UMI提升了30%~70%，中位基因數(shù)提升30%-60%。

 

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